La nueva aventura de Indiana Jones comienza en el desierto del sudoeste en 1957, la era de la guerra fria. Indy y su compañero, Mac, han escapado de una certera emboscada de los nefastos agentes sovieticos en un remoto campo de pruebas. Ahora, el Profesor Jones ha vuelto al Marshall College, sólo para ver que las cosas han ido de mal en peor. Su amigo y decano de la Facultad le explica que sus ultimas actividades han levantado sospechas y el gobierno está metiendo presión para despedirlo. En su marcha de la ciudad Indy conoce al joven rebel Mutt que le propone un reto y aventura arqueológica, si ayuda a Mutt en una misión con profundas raices personales, Indy podrá realizar el mayor descubrimiento en el campo de la arqueología: La Calavera de Crista de Akator, un legendario objeto de fascinación, superstición y miedo.